皆様からの質問が多いようなので、記事を一本書かせていただきます。
真面目に祈願するのであれば、基本はやはり一社のみの方が良く、その理由は礼節に基づきます。
その逆に祀られる神様同士が未だに仲たがいしているような寺社や、因縁浅からぬ寺社の場合には避けるほうが良いでしょう。
元が朝敵として時の政府が認定した将門公を、通常の戦術では到底打破できないと危惧した朝廷が、なりふりかまわぬ大呪で将門公の呪殺のみを熱望して施した数々の呪術装置の集大成が成田山なのですから、普通の参拝者がお気軽にパンパンしていい感じになるわけがありません。
また、ゴマスリの意味合いも含むのですが、天照大神さま以外の女神さまが祀られている寺社への参詣の際には、こちらを先に回るようにして「本来はこちらのみにお願いに来ました」的な流れで参拝すると、他の寺社に手を合わせても御眷属同志のトラブルになることは少なくまたご利益もキープされるので、二社参りを希望するのならその方向がお勧めです。
最悪なのが、るるぶとか見て、祀られている神仏のことを1ミリも理解しようとせず、スタンプラリー気分で回る観光客と同類項の方々。
ご利益だけ求めて状況が打破したら後はガン無視的な人が昨今では多いのですが、土地神様の熱意と愛情に、お世話為される方々の努力が結実して数々の寺社が古来より連綿と維持されているのですから、お散歩気分でガイドブックやペットボトル片手にパンパンしても、あなたと同じような方々の邪気が寺社の結界のすぐ外には逆巻くので良い流れには乗りません。
その逆に参拝予定の複数の寺社のことを事前に調べてから参拝するのであれば、メインはそちらでないにしても遠方からはるばる来た参拝者を無碍にすることはないのと、あなたがどうしてもそちらの寺社が気に掛かる際にはそちらの神様に呼ばれている場合も有るので、これを無理に押し留めるようなことはせず流れに任せて行動することをお勧めします。
自分も以前は二社参りは避けていましたが、道路工事などで迂回した結果何度もその寺社の周りを走ることになり、その流れで観念して参拝したのがパワスポ書庫の第一回目の寒川神社さまなので、寺社での参拝作法をご存知の方ならば二社参りは絶対NGではありません。
画像は八重垣神社の鏡の池。
こちらの記事に使わなかった画像なんですが、神気が強いので使ってみました。
追記
ダキニさま系の稲荷神社も同様だそうです。
豊川稲荷系が該当します。
お寺の中の摂社のお稲荷様への参拝はこれに該当しませんので、どうぞお気軽に。